Treffer: Bioinformatics analyses for next-generation sequencing of plasma DNA.

1997年，Dennis等證明胚胎DNA在孕婦母體中存在的事實開啟了產前無創診斷的大門。起初的應用包括性別鑒定和恒河猴血型系統的識別。隨著二代測序的出現和發展，對外周血游離DNA更加成熟的分析和應用應運而生。例如當孕婦懷孕十二周時， 應用二代測序技術在母體外周血DNA中預測胎兒21號染色體是否是三倍體， 其準確性達到98%。本論文的第一部分介紹如何應用母體外周血DNA構建胎兒的全基因組遺傳圖譜。這項研究極具挑戰，原因是孕後12周，胎兒對外周血DNA貢獻很小，大多數在10%左右，另外外周血中的胎兒DNA大多數短於200 bp。目前的演算法和程式都不適合於從母體外周血DNA中構建胎兒的遺傳圖譜。在這項研究中，根據母親和父親的基因型，用生物資訊學手段先構建胎兒可能有的遺傳圖譜，然後將母體外周血DNA的測序資訊比對到這張可能的遺傳圖譜上。如果在母親純和遺傳背景下，決定父親的特異遺傳片段，只要定性檢測父親的特異遺傳片段是否在母體外周血中存在。如果在母親雜合遺傳背景下，決定母親的遺傳特性，就要進行定量分析。我開發了單倍型相對劑量分析方案，統計學上判斷母親外周血中的兩條單倍型相對劑量水準，顯著增加的單倍型即為最大可能地遺傳給胎兒的單倍型。單倍型相對劑量分析方案可以加強測序資訊的分析效率，降低測序數據波動，比單個位點分析更加穩定，強壯。 ; 隨著靶標富集測序出現，測序價格急劇下降。第一部分運用母親父親的多態位點基因型的組合加上測序的資訊可以計算出胎兒DNA在母體外周血中的濃度。但是該方法的局限是要利用母親父親的多態位點的基因型，而不能直接從測序的資訊中推測胎兒DNA在母體外周血中的濃度。本論文的第二部分，我開發了基於二項分佈的混合模型直接預測胎兒DNA在母體外周血中的濃度。當混合模型的似然值達到最大的時候，胎兒DNA在母體外周血中的濃度得到最優估算。由於靶標富集測序可以提供高倍覆蓋的測序資訊，從而有機會直接根據概率模型識別出母親是純和而且胎兒是雜合的有特異信息量的位點。 ; 除了母體外周血DNA水準分析推動產前無創診斷外，表觀遺傳學的分析也不容忽視。 在本論文的第三部分，我開發了Methyl-Pipe軟體，專門用於全基因組的甲基化的分析。甲基化測序數據分析比一般的基因組測序分析更加複雜。由於重亞硫酸鹽測序文庫的沒有甲基化的胞嘧啶轉化成尿嘧啶，最後以胸腺嘧啶的形式存在PCR產物中， 但是對於甲基化的胞嘧啶則保持不變。 因此，為了實現將重亞硫酸鹽處理過的測序序列比對到參考基因組。首先，分別將Watson和Crick鏈的參考基因組中胞嘧啶轉化成全部轉化為胸腺嘧啶，同時也將測序序列中的胞嘧啶轉化成胸腺嘧啶。然後將轉化後的測序序列比對到參考基因組上。最後根據比對到基因組上的測序序列中的胞嘧啶和胸腺嘧啶的含量推到全基因組的甲基化水準和甲基化特定模式。Methyl-Pipe可以用於識別甲基化水平顯著性差異的基因組區別，因此它可以用於識別潛在的胎兒特異的甲基化位點用於產前無創診斷。 ; The presence of fetal DNA in the cell-free plasma of pregnant women was first described in 1997. The initial clinical applications of this phenomenon focused on the detection of paternally inherited traits such as sex and rhesus D blood group status. The development of massively parallel sequencing technologies has allowed more sophisticated analyses on circulating cell-free DNA in maternal plasma. For example, through the determination of the proportional representation of chromosome 21 sequences in maternal plasma, noninvasive prenatal diagnosis of fetal Down syndrome can be achieved with an accuracy of >98%. In the first part of my thesis, I have developed bioinformatics algorithms to perform genome-wide construction of the fetal genetic map from the massively parallel sequencing ...